Natural de Huelva, con sólo seis meses su familia se traslada a Llançà (Girona). Su primer contacto con la hostelería es en El Peña, el bar de tapas de la familia, donde ayuda en el servicio durante fines de semana y vacaciones. Tras esta experiencia, continúa con otros trabajos de temporada de verano en restaurantes de cocina catalana tradicional. En Francia, se forma junto al chef Michel Guèrard, uno de los padres de la nouvelle cuisine. Aterriza en El Bulli en 1993, donde durante cinco años atenderá diversos cursos y estancias. En 1997, se casa con Montse Serra, hija de los propietarios del hostal-restaurante Miramar. Paco Pérez, junto a su esposa, consigue poco a poco convertir este lugar en un restaurante de referencia en el mundo de la gastronomía de vanguardia. Actualmente, tiene 5 Estrellas Michelin (2 por el Restaurante Miramar, 2 por la Enoteca del Hotel Arts y una por el Cinco del Hotel Das Stue en Berlín).